Версия Baja, появившаяся с дебютом XR250 (Super XR), которая реализовывала внедорожные мотоциклы для дорог общего пользования (Honda в то время называла их «наземными спортивными мотоциклами») из серии XR, которая была посвящена бездорожью. вождение. Официальное название этой Super XR Baja — «XR BAJA» (без 250). В следующем году он производился до модели 2003 года, претерпев при этом несколько незначительных изменений, таких как увеличение топливного бака (по сравнению с XR250).
Для дальнейшего улучшения характеристик ускорения окончательное передаточное число было изменено с прежних 3000 (13/39) на 3,076 (13/40). Был внесен широкий спектр изменений, в том числе удлинение маятника на 12 мм для увеличения нагрузки, распределяемой на переднюю часть, и улучшения устойчивости.