XJR1200R был вариацией модели, о которой было объявлено, когда XJR1200, появившаяся в 1994 году как модель с самым большим рабочим объемом двигателя на внутреннем рынке, претерпела второе незначительное изменение. Выпущен в марте 1996 года. Оснащенный большим полуобтекателем (полукапотом), он был создан как туристический персонаж, способный к дальним высокоскоростным перемещениям. Полностью регулируемая задняя подвеска Ohlins с демпфирующей силой сжатия и механизмом начальной (первоначальной) регулировки, тройным расходомером и т. д. такая же, как и незначительное изменение XJR1200 того же года. В 1998 году базовая модель превратилась в XJR1300, но модель с полукапотом не устанавливалась, и в результате XJR1200R стала единственной моделью, оснащенной полукапотом в серии (поскольку у XJR400R2 был капот от бикини). .
Большой полуобтекатель, предназначенный для защиты от ветра верхней части корпуса, крепился на раме и не влиял на управляемость. Начиная с 1188-кубового 4-тактного рядного 4-цилиндрового 4-клапанного двигателя DOHC с воздушным охлаждением, конфигурация кузова такая же, как у XJR1200 того же года. С капотом вес автомобиля увеличился бы на 1 кг. 1 цветовая настройка черного 2.