FZ6 S2 был выпущен в 2007 году как более дорогая модель FZ6. Официально в Японии он не был представлен и распространялся в виде «реверсивного импортного автомобиля». Хотя базовая конфигурация такая же, как у FZ6, например, рядный 4-цилиндровый двигатель с водяным охлаждением серии YZF-R6, приемистость дроссельной заслонки была дополнительно улучшена за счет изменения схемы впрыска. В качестве передних тормозов были приняты оппозитные моноблочные суппорты с 4 колодками. Счетчик представлял собой ту же комбинацию аналогового тахометра и цифрового спидометра, что и FZ1 того же возраста. FZ6 Feather S2 с полукапотом был таким же, как и FZ1. В 2009 году появилась модель-преемник серии XJ6, и история модели FZ6 закончилась.
