В конце 2000-х Ninja 250R стал хитом, и спорт с полным капотом снова стал популярным на внутреннем рынке Японии. Однако это была не версия Ninja 250R с большим рабочим объемом, а 400-кубовая версия экспортной модели ER-6f (600-кубовая модель с полным капотом). Это как ЭР-4н, отечественный вариант голого ЭР-6н. Серия ER была высоко оценена как хорошо сбалансированная практичная модель в основном в Европе, а Ninja 400R для внутреннего рынка также оценен как спортивный турер, оснащенный капотом с высоким ветрозащитным эффектом. Он будет выпускаться до 2013 года, а в следующем году будет переделан в Ninja 400, но новая модель также выстраивалась до 2017 года как потомок серии ER.
Цвета и графика были изменены и теперь включают Candy Lime Green и Candy Plasma Blue. Никаких изменений в производительности или технических характеристиках нет.
