Ducati 999R был высокотехнологичной маркой для гонок на супербайках, основанной на модели супербайка «999» с 2003 по 2006 год. Модель, при которой продается только необходимое количество мотоциклов для «получения разрешения» на участие в гонках с использованием коммерческого транспорта (например, гонки супербайков), так называемая «омологация». Также была двухместная спецификация (Biposto) в 999 и т. д., но все 999R были одноместными (Monopost). 999R выиграл чемпионаты мира по супербайку 2003, 2004 и 2006 годов.
