Monster S4R был выпущен в 2004 году, сменив Monster S4 с двигателем Superbike 916. Рабочий объем, составлявший 916 куб. см в S4, был увеличен до 996 куб. см, то есть эволюционной модели 916, 2-цилиндрового 4-клапанного двигателя «Desmo Quadro» L-типа с водяным охлаждением для супербайка 996. Кроме того, маятник стал консольным, а глушитель глушителя вынесли вместе с правой стороны. В 2007 году он был оснащен двигателем Testastretta объемом 998 куб. см (что означает компактную головку) для Superbike 999 и назывался Monster S4R Testastretta (выделен в отдельную модель).