Hypermotard 939 — базовая модель новой серии Hypermotard, появившейся в 2016 году. Диаметр цилиндра двигателя Testastretta 11° с водяным охлаждением, который устанавливался со времен его предшественника Hypermotard (821), был увеличен (ход поршня остался прежним), а рабочий объем увеличен до 937 куб.см. Основная цель этого масштабирования заключалась не в повышении максимальной мощности, а в том, чтобы очистить новые европейские правила выхлопных газов (на тот момент), Евро 4. Принятие системы управления поездкой (RbW), выбор режимов езды «Спорт», «Городской» и «Туринг», ABS и антипробуксовочная система и т. Д. Унаследованы от Hypermotard (821). На момент его появления в линейку входили модели SP (Hypermotard 939SP) и Hyperstrada 939. Он был настроен на модель 2018 года, а Hypermotard 950 появился в качестве модели-преемника в следующем году.