Hypermotard 1100S был установлен как топовая спецификация Hypermotard 1100 (2007-). Что касается типа S, то в нем использовалась передняя вилка с титановым покрытием (произведенная Marzocchi), задняя подвеска Öhlins, моноблочный суппорт Brembo, специальное облегченное колесо и карбоновый кожух вилки. Базовая конфигурация, такая как десмодромный двухклапанный двигатель L-twin с воздушным охлаждением и рабочим объемом 1078 куб. см, была такой же, как и у стандартной модели. Он был настроен на модель 2009 года, а в 2010 году стандартная модель превратилась в Hypermotard 1100 Evo, а вместо типа S она стала типом SP (Hypermotard 1100 Evo SP) (см. отдельный раздел).