1098R Troy Bayliss Edition, выпущенный в 2009 году, представляет собой специальную модель, названную в честь Троя Бейлисса, австралийского гонщика, вышедшего на пенсию в предыдущем (2008) году. Бейлисс — легендарный гонщик Ducati, выигравший дебютную гонку 1098 (F08) Superbike World Championship (SBK) и выигравший чемпионат в третий раз (все на машинах Ducati). Troy Bayliss Edition был основан на омологационной модели SBK 1098R, имел особый цвет и имел табличку с выгравированным серийным номером на верхнем мосту.